• 可变剪切和基因表达研究.
• 内含子的cDNA获得.
• cDNA文库的内含子筛选

来源于大肠杆菌的核糖核酸酶R (RNase R) 是一种镁依赖性的3'→5'核糖核酸外切酶，能够消化基本上所有线性的RNA，但不易消化套索或环状RNA的结构，或3'突出超过7个核苷酸短双链RNA。大多数细胞的RNA会被RNase R消化完全，除tRNA基因，5S RNA和内含子套索结构（图1）。3’套索尾巴将被RNase R修剪到分支点的核苷酸，此位置含有一个2'，5'-磷酸二酯键。套索是内含子区域的前体mRNA剪接产生的，并且可以从总RNA的混合物通过RNase R消化进行分离。ArrayPure™ Kit, MasterPure™ RNA和Yeast RNA Purification试剂盒可被用于这种总RNA的制备。
用这种方法分离的RNA可以用作模板来产生标记的cDNA作为含有潜在的内含子序列的微阵列的目标，或者用于包含完整的染色体或基因组的重叠区域平铺阵列。产生的cDNA不代表线性内含子，但其含有的序列是来源于内含子的。
活力单位定义: 在标准反应条件下，一个活力单位的RNase R能够在37°C，10分钟将1 µg的 poly(A)转变成可溶于酸的核苷。
储存缓冲液: RNase R储存于50%甘油含有50 mMTris-HCl (pH 7.5), 100 mM NaCl, 0.1 mM EDTA, 1 mM DTT, and 0.1% Triton® X-100.
RNase R 10X反应缓冲液: 0.2 M Tris-HCl (pH 8.0), 1 M KCl, and 1 mM MgCl2.
注: RNase R的活性需要低的镁离子浓度 (0.1-1.0 mM)。RNA制备物中低浓度的EDTA会影响RNase R的活性。加入最多至1 mM的MgCl2可以竞争EDTA.该酶最适温度为37°C.